Em Puzzle Pirates, como o próprio nome já entrega, o jogador terá que enfrentar alguns desafios de estratégia e inteligência, sempre tendo como tema principal o famosos ladrões do alto mar.
Todas as missões que o jogo apresenta estão diretamente relacionadas com a vida em alto mar dos piratas. Ou seja, os jogadores terão que saquear navios, combater outros piratas, etc. Mas para isso será necessário resolver uma série de quebra-cabeças para que o jogador efetivamente conclua suas missões.
Em Puzzle Pirates o jogador terá que enfrentar uma série de jogos tradicionais do gênero, ou algumas adaptações deles. O jogador sempre terá a opção de jogar na opção single ou se prefere ter mais jogadores juntos para enfrentar as disputas.
Por exemplo, um dos desafios consiste em derrotar outro pirata em uma luta de espadas. Para isso o jogador terá que enfrentar um desafio dos blocos, no qual é preciso eliminar peças semelhantes. Além disso também é possível encontrar desafios de catas, competição de bebidas, dentre outros.
Para que o jogo funcione, é necessário o Steam