No começo de Jagged Alliance Online o jogador conhece a história de um pequeno grupo de mercenários que vai reunir todas as suas forças e recursos para se vingar contra uma tentativa de assassinato feita contra eles. E desta forma o jogo começa a se desenrolar. As ações aqui são realizadas em turnos, e o jogador deverá montar um esquadrão para acabar com o esquadrão adversário.
Depois que o jogador conseguir reunir a sua tropa, será necessário entrar para as densas florestas, e traçar algumas estratégias para eliminar qualquer inimigo que surgir no meio do caminho da tropa.
Depois disso será necessário montar o seu exército e começar a buscar os seus inimigos. Um dos pontos mais importantes é conseguir visualizar o seu posicionamento para conseguir gerar um ataque efetivo. Além disso, neste posicionamento não é recomendado pensar apenas no ataque, mas também é importante encontrar um ponto onde seus inimigos tenham dificuldade de acertar no ataque de revide.
É importante também ficar atento aos pontos de ação de cada membro do seu exército, já que cada ação consome uma determinada quantidade de pontos, e o jogador corre o risco de ter um determinado ataque paralisado no meio caso acabe estes pontos.
Para que o jogo funcione, é necessário o Steam